เริ่ม ต้นจากการที่โนบิตะไปเก็บเอาต้นอ่อนมาจากภูเขาหลังโรงเรียน และโนบิตะได้ใช้ยาวิเศษของโดราเอมอน ทำให้ต้นอ่อนเคลื่อนไหวและพูดเองได้ โนบิตะตั้งชื่อให้ว่า “คีโบ” วันหนึ่งเมื่อทุกคนพากันไปที่ภูเขา หลังโรงเรียนจู่ๆ ก็มีน้ำวนยักษ์ปรากฏขึ้น มา แล้วก็ดูดพวกโนบิตะเข้าไป และพาพวกเขาไปยังโลกอันแสนประหลาดที่มีต้นไม้ยักษ์ แผ่กิ่งก้านสาขากว้างใหญ่ที่มีชื่อว่าดาวแห่งสีเขียว ซึ่งมีพวกพืชที่มีวิวัฒนาการจนสามารถพูดได้เหมือน อย่างคีโบปกครองอยู่โดยมีเจ้าหญิงรีเรเป็นผู้นำ และอำมาตย์ใหญ่ชีร่าผู้วาง แผนลับเพื่อปกป้องอนาคตของดาวสีเขียวเอาไว้เป็นผู้รับใช้อยู่เบื้องหลัง โนบิตะ โดราเอมอน และเพื่อนๆ จะทำเช่นไร? เพื่อกลับคืนสู่โลกเดิมของตน และตำนานคนยักษ์สีเขียวในตำนานคืออไรกันแน่?
